X3D Model Documentation: Oxytocin.x3d

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  2  <!DOCTYPE X3D PUBLIC "ISO//Web3D//DTD X3D 4.0//EN" "https://www.web3d.org/specifications/x3d-4.0.dtd">
  3  <X3D profile='Immersive' version='4.0'  xmlns:xsd='http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance' xsd:noNamespaceSchemaLocation='https://www.web3d.org/specifications/x3d-4.0.xsd'>
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  5            <meta name='title' content='Oxytocin.x3d'/>
  6            <meta name='description' content='Autogenerated version of Oxytocin.x3d scene produced from Oxytocin.xml Chemical Markup Language (CML) version 1.0 source file.'/>
  7            <meta name='creator' content='Nicholas F. Polys'/>
  8            <meta name='translator' content='Don Brutzman'/>
  9            <meta name='created' content='24 November 2005'/>
 10            <meta name='translated' content='6 August 2024'/>
 11            <meta name='modified' content='6 August 2024'/>
 12            <meta name='reference' content='Oxytocin.xml'/>
 13            <meta name='reference' content='CML sources https://www.xml-cml.org'/>
 14            <meta name='reference' content='Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_Markup_Language'/>
 15            <meta name='reference' content='JUMBO Chemical Format Conversion Tool'/>
 16            <meta name='reference' content='https://webbook.nist.gov/chemistry'/>
 17            <meta name='reference' content='Polys.StylesheetTransformationsInteractiveVisualization.Web3d2003Symposium.pdf'/>
 18            <meta name='reference' content='Originally Published in Proceedings of Web3D 2003, ACM Press'/>
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 20            <meta name='identifier' content='https://www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/Oxytocin.x3d'/>
 21            <meta name='license' content='../license.html'/>
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<!--
Event Graph ROUTE Table shows event connections.
-->

<!-- to top Index for DEF nodes: a1, a10, a11, a12, a13, a14, a15, a16, a17, a18, a19, a2, a20, a21, a22, a23, a24, a25, a26, a27, a28, a29, a3, a30, a31, a32, a33, a34, a35, a36, a37, a38, a39, a4, a40, a41, a42, a43, a44, a45, a46, a47, a48, a49, a5, a50, a51, a52, a53, a54, a55, a56, a57, a58, a59, a6, a60, a61, a62, a63, a64, a65, a66, a67, a68, a69, a7, a8, a9, ato_, ato__mat, atoBr, atoBr_mat, atoC, atoC_mat, atoCl, atoCl_mat, atoF, atoF_mat, atoH, atoH_mat, atoI, atoI_mat, atoN, atoN_mat, atoO, atoO_mat, atoP, atoP_mat, atoS, atoS_mat, atoSi, atoSi_mat, b1, b10, b10_2, b11, b12, b13, b14, b15, b16, b17, b18, b19, b19_2, b2, b20, b21, b22, b22_2, b23, b24, b25, b26, b27, b28, b29, b3, b30, b31, b32, b33, b34, b35, b35_2, b36, b37, b37_2, b38, b39, b4, b40, b41, b41_2, b42, b43, b44, b45, b45_2, b46, b47, b48, b49, b5, b50, b50_2, b51, b52, b53, b54, b55, b56, b57, b57_2, b58, b59, b59_2, b6, b60, b61, b62, b63, b63_2, b64, b65, b65_2, b66, b67, b68, b69, b7, b7_2, b70, b71, b71_2, b8, b9, bondo, cmpd_name, cmpd_name1, cmpd_name2, infogroupa

Index for Viewpoint nodes: Viewpoint_1, Viewpoint_2
Index for ProtoDeclare definitions: ano1_text, ano2_text, Bromine, Carbon, Chlorine, Fluorine, Hydrogen, Iodine, line, Nitrogen, Oxygen, Phosphorus, Silicon, Sulphur, title_text, unknown
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 23       <Scene>
 24            <ProtoDeclare name='Carbon'>
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 52                                </Shape>
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 78                                <Shape>
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 82                                     <Text string='"H"'>
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 85                                </Shape>
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101                                <Shape>
102                                     <Appearance>
103                                          <Material DEF='atoN_mat' diffuseColor='0 0 .72' emissiveColor='0 0 .13' specularColor='.5 .5 .5'>
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106                                               </IS>
107                                          </Material>
108                                     </Appearance>
109                                     <Sphere radius='.75'/>
110                                </Shape>
111                                <Shape>
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130                           <Transform DEF='atoO'>
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132                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
133                                </IS>
134                                <Shape>
135                                     <Appearance>
136                                          <Material DEF='atoO_mat' ambientIntensity='.487' diffuseColor='.54 .05 .25' shininess='.2' specularColor='.81 .77 .75'>
137                                               <IS>
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139                                               </IS>
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170                                               <IS>
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172                                               </IS>
173                                          </Material>
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176                                </Shape>
177                                <Shape>
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181                                     <Text string='"F"'>
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184                                </Shape>
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187                 </ProtoBody>
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189            <ProtoDeclare name='Silicon'>
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192                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
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200                                <Shape>
201                                     <Appearance>
202                                          <Material DEF='atoSi_mat' diffuseColor='.8 .8 .8'>
203                                               <IS>
204                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
205                                               </IS>
206                                          </Material>
207                                     </Appearance>
208                                     <Sphere radius='1.18'/>
209                                </Shape>
210                                <Shape>
211                                     <Appearance>
212                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
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214                                     <Text string='"Si"'>
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217                                </Shape>
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220                 </ProtoBody>
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226                 </ProtoInterface>
227                 <ProtoBody>
228                      <Group>
229                           <Transform DEF='atoP'>
230                                <IS>
231                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
232                                </IS>
233                                <Shape>
234                                     <Appearance>
235                                          <Material DEF='atoP_mat' ambientIntensity='.11' diffuseColor='.9 .41 0' emissiveColor='.1 .04 0' shininess='0.8' specularColor='.1 .1 .1'>
236                                               <IS>
237                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
238                                               </IS>
239                                          </Material>
240                                     </Appearance>
241                                     <Sphere radius='1.1'/>
242                                </Shape>
243                                <Shape>
244                                     <Appearance>
245                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
246                                     </Appearance>
247                                     <Text string='"P"'>
248                                          <FontStyle size='.8'/>
249                                     </Text>
250                                </Shape>
251                           </Transform>
252                      </Group>
253                 </ProtoBody>
254            </ProtoDeclare>
255            <ProtoDeclare name='Sulphur'>
256                 <ProtoInterface>
257                      <field name='position' type='SFVec3f' value='0 0 0' accessType='inputOutput'/>
258                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
259                 </ProtoInterface>
260                 <ProtoBody>
261                      <Group>
262                           <Transform DEF='atoS'>
263                                <IS>
264                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
265                                </IS>
266                                <Shape>
267                                     <Appearance>
268                                          <Material DEF='atoS_mat' ambientIntensity='.0467' diffuseColor='.25 .39 .25' emissiveColor='.05 .08 .05' shininess='0.6' specularColor='.11 .12 .08'>
269                                               <IS>
270                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
271                                               </IS>
272                                          </Material>
273                                     </Appearance>
274                                     <Sphere radius='1.3'/>
275                                </Shape>
276                                <Shape>
277                                     <Appearance>
278                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
279                                     </Appearance>
280                                     <Text string='"S"'>
281                                          <FontStyle size='.8'/>
282                                     </Text>
283                                </Shape>
284                           </Transform>
285                      </Group>
286                 </ProtoBody>
287            </ProtoDeclare>
288            <ProtoDeclare name='Chlorine'>
289                 <ProtoInterface>
290                      <field name='position' type='SFVec3f' value='0 0 0' accessType='inputOutput'/>
291                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
292                 </ProtoInterface>
293                 <ProtoBody>
294                      <Group>
295                           <Transform DEF='atoCl'>
296                                <IS>
297                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
298                                </IS>
299                                <Shape>
300                                     <Appearance>
301                                          <Material DEF='atoCl_mat' diffuseColor='.28 .7 0' emissiveColor='.06 .15 0' shininess='0.8' specularColor='.5 .5 .5'>
302                                               <IS>
303                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
304                                               </IS>
305                                          </Material>
306                                     </Appearance>
307                                     <Sphere radius='1.01'/>
308                                </Shape>
309                                <Shape>
310                                     <Appearance>
311                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
312                                     </Appearance>
313                                     <Text string='"Cl"'>
314                                          <FontStyle size='.8'/>
315                                     </Text>
316                                </Shape>
317                           </Transform>
318                      </Group>
319                 </ProtoBody>
320            </ProtoDeclare>
321            <ProtoDeclare name='Bromine'>
322                 <ProtoInterface>
323                      <field name='position' type='SFVec3f' value='0 0 0' accessType='inputOutput'/>
324                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
325                 </ProtoInterface>
326                 <ProtoBody>
327                      <Group>
328                           <Transform DEF='atoBr'>
329                                <IS>
330                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
331                                </IS>
332                                <Shape>
333                                     <Appearance>
334                                          <Material DEF='atoBr_mat' ambientIntensity='.0833' diffuseColor='.5 .3 .19' emissiveColor='.12 .13 .08' shininess='0.17' specularColor='.08 .08 .05'>
335                                               <IS>
336                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
337                                               </IS>
338                                          </Material>
339                                     </Appearance>
340                                     <Sphere radius='1.14'/>
341                                </Shape>
342                                <Shape>
343                                     <Appearance>
344                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
345                                     </Appearance>
346                                     <Text string='"Br"'>
347                                          <FontStyle size='.8'/>
348                                     </Text>
349                                </Shape>
350                           </Transform>
351                      </Group>
352                 </ProtoBody>
353            </ProtoDeclare>
354            <ProtoDeclare name='Iodine'>
355                 <ProtoInterface>
356                      <field name='position' type='SFVec3f' value='0 0 0' accessType='inputOutput'/>
357                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
358                 </ProtoInterface>
359                 <ProtoBody>
360                      <Group>
361                           <Transform DEF='atoI'>
362                                <IS>
363                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
364                                </IS>
365                                <Shape>
366                                     <Appearance>
367                                          <Material DEF='atoI_mat' diffuseColor='.56 .37 .74' emissiveColor='.15 .1 .2' shininess='.09' specularColor='.12 .12 .12'>
368                                               <IS>
369                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
370                                               </IS>
371                                          </Material>
372                                     </Appearance>
373                                     <Sphere radius='1.33'/>
374                                </Shape>
375                                <Shape>
376                                     <Appearance>
377                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
378                                     </Appearance>
379                                     <Text string='"I"'>
380                                          <FontStyle size='.8'/>
381                                     </Text>
382                                </Shape>
383                           </Transform>
384                      </Group>
385                 </ProtoBody>
386            </ProtoDeclare>
387            <ProtoDeclare name='unknown'>
388                 <ProtoInterface>
389                      <field name='position' type='SFVec3f' value='0 0 0' accessType='inputOutput'/>
390                      <field name='materialTransparency' type='SFFloat' value='.6' accessType='inputOutput'/>
391                 </ProtoInterface>
392                 <ProtoBody>
393                      <Group>
394                           <Transform DEF='ato_'>
395                                <IS>
396                                     <connect nodeField='translation' protoField='position'/>
397                                </IS>
398                                <Shape>
399                                     <Appearance>
400                                          <Material DEF='ato__mat' diffuseColor='1 1 1' emissiveColor='.15 .1 .2' shininess='.09' specularColor='.12 .12 .12'>
401                                               <IS>
402                                                    <connect nodeField='transparency' protoField='materialTransparency'/>
403                                               </IS>
404                                          </Material>
405                                     </Appearance>
406                                     <Sphere radius='1.001'/>
407                                </Shape>
408                                <Shape>
409                                     <Appearance>
410                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
411                                     </Appearance>
412                                     <Text string='"?"'>
413                                          <FontStyle size='.8'/>
414                                     </Text>
415                                </Shape>
416                           </Transform>
417                      </Group>
418                 </ProtoBody>
419            </ProtoDeclare>
420            <ProtoDeclare name='line'>
421                 <ProtoInterface>
422                      <field name='bond_set' type='MFVec3f' value='-1 0 0 1 0 0' accessType='inputOutput'/>
423                 </ProtoInterface>
424                 <ProtoBody>
425                      <Group>
426                           <Shape>
427                                <Appearance>
428                                     <Material diffuseColor='1 1 1' emissiveColor='1 1 1'/>
429                                </Appearance>
430                                <IndexedLineSet coordIndex='0 1 -1'>
431                                     <Coordinate DEF='bondo'>
432                                          <IS>
433                                               <connect nodeField='point' protoField='bond_set'/>
434                                          </IS>
435                                     </Coordinate>
436                                </IndexedLineSet>
437                           </Shape>
438                      </Group>
439                 </ProtoBody>
440            </ProtoDeclare>
441            <ProtoDeclare name='title_text'>
442                 <ProtoInterface>
443                      <field name='txt' type='MFString' accessType='inputOutput'/>
444                 </ProtoInterface>
445                 <ProtoBody>
446                      <Transform>
447                           <Group>
448                                <Transform>
449                                     <Shape>
450                                          <Appearance>
451                                               <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
452                                          </Appearance>
453                                          <Text DEF='cmpd_name'>
454                                               <IS>
455                                                    <connect nodeField='string' protoField='txt'/>
456                                               </IS>
457                                               <FontStyle/>
458                                          </Text>
459                                     </Shape>
460                                </Transform>
461                           </Group>
462                      </Transform>
463                 </ProtoBody>
464            </ProtoDeclare>
465            <ProtoDeclare name='ano1_text'>
466                 <ProtoInterface>
467                      <field name='txt' type='MFString' accessType='inputOutput'/>
468                 </ProtoInterface>
469                 <ProtoBody>
470                      <Transform>
471                           <Group>
472                                <Transform>
473                                     <Shape>
474                                          <Appearance>
475                                               <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
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477                                          <Text DEF='cmpd_name1'>
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943                 </ProtoInstance>
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955                 </ProtoInstance>
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958                 </ProtoInstance>
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961                 </ProtoInstance>
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964                 </ProtoInstance>
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967                 </ProtoInstance>
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973                 </ProtoInstance>
974                 <ProtoInstance name='line' DEF='b30'>
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976                 </ProtoInstance>
977                 <ProtoInstance name='line' DEF='b31'>
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979                 </ProtoInstance>
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982                 </ProtoInstance>
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991                 </ProtoInstance>
992                 <ProtoInstance name='line' DEF='b35_2'>
993                      <fieldValue name='bond_set' value='5.2264 5.4405 0 5.259899999999999 6.9791 0'/>
994                 </ProtoInstance>
995                 <ProtoInstance name='line' DEF='b36'>
996                      <fieldValue name='bond_set' value='2.0291 7.1797 0 1.126 8.4507 0'/>
997                 </ProtoInstance>
998                 <ProtoInstance name='line' DEF='b37'>
999                      <fieldValue name='bond_set' value='2.0091 7.1797 0 3.5587 7.3135 0'/>
1000                 </ProtoInstance>
1001                 <ProtoInstance name='line' DEF='b37_2'>
1002                      <fieldValue name='bond_set' value='2.0491 7.1797 0 3.5987 7.3135 0'/>
1003                 </ProtoInstance>
1004                 <ProtoInstance name='line' DEF='b38'>
1005                      <fieldValue name='bond_set' value='5.1841 -4.4818 0 6.7226 -4.2253 0'/>
1006                 </ProtoInstance>
1007                 <ProtoInstance name='line' DEF='b39'>
1008                      <fieldValue name='bond_set' value='5.1841 -4.4818 0 5.1841 -6.0203 0'/>
1009                 </ProtoInstance>
1010                 <ProtoInstance name='line' DEF='b40'>
1011                      <fieldValue name='bond_set' value='-12.3304 -1.6054 0 -13.8466 -1.2709 0'/>
1012                 </ProtoInstance>
1013                 <ProtoInstance name='line' DEF='b41'>
1014                      <fieldValue name='bond_set' value='-12.350399999999999 -1.6054 0 -11.8822 -3.0659 0'/>
1015                 </ProtoInstance>
1016                 <ProtoInstance name='line' DEF='b41_2'>
1017                      <fieldValue name='bond_set' value='-12.3104 -1.6054 0 -11.8422 -3.0659 0'/>
1018                 </ProtoInstance>
1019                 <ProtoInstance name='line' DEF='b42'>
1020                      <fieldValue name='bond_set' value='6.7561 5.1841 0 8.1385 4.4706 0'/>
1021                 </ProtoInstance>
1022                 <ProtoInstance name='line' DEF='b43'>
1023                      <fieldValue name='bond_set' value='6.7561 5.1841 0 7.2243 6.6781 0'/>
1024                 </ProtoInstance>
1025                 <ProtoInstance name='line' DEF='b44'>
1026                      <fieldValue name='bond_set' value='6.7226 -4.2253 0 8.1051 -3.5341 0'/>
1027                 </ProtoInstance>
1028                 <ProtoInstance name='line' DEF='b45'>
1029                      <fieldValue name='bond_set' value='6.7026 -4.2253 0 7.182 -5.7193 0'/>
1030                 </ProtoInstance>
1031                 <ProtoInstance name='line' DEF='b45_2'>
1032                      <fieldValue name='bond_set' value='6.7425999999999995 -4.2253 0 7.2219999999999995 -5.7193 0'/>
1033                 </ProtoInstance>
1034                 <ProtoInstance name='line' DEF='b46'>
1035                      <fieldValue name='bond_set' value='8.1385 4.4706 0 9.2422 3.3669 0'/>
1036                 </ProtoInstance>
1037                 <ProtoInstance name='line' DEF='b47'>
1038                      <fieldValue name='bond_set' value='7.2243 6.6781 0 8.7406 6.9791 0'/>
1039                 </ProtoInstance>
1040                 <ProtoInstance name='line' DEF='b48'>
1041                      <fieldValue name='bond_set' value='8.1051 -3.5341 0 9.2088 -2.4304 0'/>
1042                 </ProtoInstance>
1043                 <ProtoInstance name='line' DEF='b49'>
1044                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2422 3.3669 0 9.9335 1.9845 0'/>
1045                 </ProtoInstance>
1046                 <ProtoInstance name='line' DEF='b50'>
1047                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2222 3.3669 0 10.4597 4.3034 0'/>
1048                 </ProtoInstance>
1049                 <ProtoInstance name='line' DEF='b50_2'>
1050                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2622 3.3669 0 10.499699999999999 4.3034 0'/>
1051                 </ProtoInstance>
1052                 <ProtoInstance name='line' DEF='b51'>
1053                      <fieldValue name='bond_set' value='8.7406 6.9791 0 9.2422 8.4507 0'/>
1054                 </ProtoInstance>
1055                 <ProtoInstance name='line' DEF='b52'>
1056                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2088 -2.4304 0 10.4797 -3.3446 0'/>
1057                 </ProtoInstance>
1058                 <ProtoInstance name='line' DEF='b53'>
1059                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2088 -2.4304 0 9.9335 -1.0591 0'/>
1060                 </ProtoInstance>
1061                 <ProtoInstance name='line' DEF='b54'>
1062                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9335 1.9845 0 10.1787 0.4682 0'/>
1063                 </ProtoInstance>
1064                 <ProtoInstance name='line' DEF='b55'>
1065                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9335 1.9845 0 11.4274 2.4862 0'/>
1066                 </ProtoInstance>
1067                 <ProtoInstance name='line' DEF='b56'>
1068                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2422 8.4507 0 10.7585 8.774 0'/>
1069                 </ProtoInstance>
1070                 <ProtoInstance name='line' DEF='b57'>
1071                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2222 8.4507 0 8.1966 9.6324 0'/>
1072                 </ProtoInstance>
1073                 <ProtoInstance name='line' DEF='b57_2'>
1074                      <fieldValue name='bond_set' value='9.2622 8.4507 0 8.2366 9.6324 0'/>
1075                 </ProtoInstance>
1076                 <ProtoInstance name='line' DEF='b58'>
1077                      <fieldValue name='bond_set' value='10.4797 -3.3446 0 10.3237 -4.8943 0'/>
1078                 </ProtoInstance>
1079                 <ProtoInstance name='line' DEF='b59'>
1080                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9135 -1.0591 0 11.4074 -1.5274 0'/>
1081                 </ProtoInstance>
1082                 <ProtoInstance name='line' DEF='b59_2'>
1083                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9535 -1.0591 0 11.4474 -1.5274 0'/>
1084                 </ProtoInstance>
1085                 <ProtoInstance name='line' DEF='b60'>
1086                      <fieldValue name='bond_set' value='11.4274 2.4862 0 12.5534 1.427 0'/>
1087                 </ProtoInstance>
1088                 <ProtoInstance name='line' DEF='b61'>
1089                      <fieldValue name='bond_set' value='11.4274 2.4862 0 11.7507 4.0024 0'/>
1090                 </ProtoInstance>
1091                 <ProtoInstance name='line' DEF='b62'>
1092                      <fieldValue name='bond_set' value='10.3237 -4.8943 0 8.8855 -5.5297 0'/>
1093                 </ProtoInstance>
1094                 <ProtoInstance name='line' DEF='b63'>
1095                      <fieldValue name='bond_set' value='10.303700000000001 -4.8943 0 11.5412 -5.8085 0'/>
1096                 </ProtoInstance>
1097                 <ProtoInstance name='line' DEF='b63_2'>
1098                      <fieldValue name='bond_set' value='10.3437 -4.8943 0 11.581199999999999 -5.8085 0'/>
1099                 </ProtoInstance>
1100                 <ProtoInstance name='line' DEF='b64'>
1101                      <fieldValue name='bond_set' value='12.5534 1.427 0 14.0473 1.9064 0'/>
1102                 </ProtoInstance>
1103                 <ProtoInstance name='line' DEF='b65'>
1104                      <fieldValue name='bond_set' value='8.8655 -5.5297 0 8.6983 -7.0794 0'/>
1105                 </ProtoInstance>
1106                 <ProtoInstance name='line' DEF='b65_2'>
1107                      <fieldValue name='bond_set' value='8.9055 -5.5297 0 8.738299999999999 -7.0794 0'/>
1108                 </ProtoInstance>
1109                 <ProtoInstance name='line' DEF='b66'>
1110                      <fieldValue name='bond_set' value='11.5612 -5.8085 0 11.3939 -7.347 0'/>
1111                 </ProtoInstance>
1112                 <ProtoInstance name='line' DEF='b67'>
1113                      <fieldValue name='bond_set' value='8.7183 -7.0794 0 9.9892 -7.9824 0'/>
1114                 </ProtoInstance>
1115                 <ProtoInstance name='line' DEF='b68'>
1116                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9892 -7.9824 0 9.7885 -9.5321 0'/>
1117                 </ProtoInstance>
1118                 <ProtoInstance name='line' DEF='b69'>
1119                      <fieldValue name='bond_set' value='-3.9355 3.5341 0 -2.5753 4.3034 0'/>
1120                 </ProtoInstance>
1121                 <ProtoInstance name='line' DEF='b70'>
1122                      <fieldValue name='bond_set' value='9.9335 -1.0591 0 10.1787 0.4682 0'/>
1123                 </ProtoInstance>
1124                 <ProtoInstance name='line' DEF='b71'>
1125                      <fieldValue name='bond_set' value='11.3739 -7.347 0 9.9692 -7.9824 0'/>
1126                 </ProtoInstance>
1127                 <ProtoInstance name='line' DEF='b71_2'>
1128                      <fieldValue name='bond_set' value='11.4139 -7.347 0 10.0092 -7.9824 0'/>
1129                 </ProtoInstance>
1130            </Group>
1131       </Scene>
1132  </X3D>
<!--
<!--
Event Graph ROUTE Table shows event connections.
-->

<!-- to top Index for DEF nodes: a1, a10, a11, a12, a13, a14, a15, a16, a17, a18, a19, a2, a20, a21, a22, a23, a24, a25, a26, a27, a28, a29, a3, a30, a31, a32, a33, a34, a35, a36, a37, a38, a39, a4, a40, a41, a42, a43, a44, a45, a46, a47, a48, a49, a5, a50, a51, a52, a53, a54, a55, a56, a57, a58, a59, a6, a60, a61, a62, a63, a64, a65, a66, a67, a68, a69, a7, a8, a9, ato_, ato__mat, atoBr, atoBr_mat, atoC, atoC_mat, atoCl, atoCl_mat, atoF, atoF_mat, atoH, atoH_mat, atoI, atoI_mat, atoN, atoN_mat, atoO, atoO_mat, atoP, atoP_mat, atoS, atoS_mat, atoSi, atoSi_mat, b1, b10, b10_2, b11, b12, b13, b14, b15, b16, b17, b18, b19, b19_2, b2, b20, b21, b22, b22_2, b23, b24, b25, b26, b27, b28, b29, b3, b30, b31, b32, b33, b34, b35, b35_2, b36, b37, b37_2, b38, b39, b4, b40, b41, b41_2, b42, b43, b44, b45, b45_2, b46, b47, b48, b49, b5, b50, b50_2, b51, b52, b53, b54, b55, b56, b57, b57_2, b58, b59, b59_2, b6, b60, b61, b62, b63, b63_2, b64, b65, b65_2, b66, b67, b68, b69, b7, b7_2, b70, b71, b71_2, b8, b9, bondo, cmpd_name, cmpd_name1, cmpd_name2, infogroupa

Index for Viewpoint nodes: Viewpoint_1, Viewpoint_2
Index for ProtoDeclare definitions: ano1_text, ano2_text, Bromine, Carbon, Chlorine, Fluorine, Hydrogen, Iodine, line, Nitrogen, Oxygen, Phosphorus, Silicon, Sulphur, title_text, unknown
-->
X3D Tooltips element index: Appearance, Background, connect, Coordinate, field, fieldValue, FontStyle, Group, head, IndexedLineSet, IS, Material, meta, NavigationInfo, PointLight, ProtoBody, ProtoDeclare, ProtoInstance, ProtoInterface, Scene, Shape, Sphere, Text, Transform, Viewpoint, X3D, accessType and type, XML data types, field types

Event Graph ROUTE Table with 0 ROUTE connections total, showing X3D event-model relationships for this scene.

Each row shows an event cascade that may occur during a single timestamp interval between frame renderings, as part of the X3D execution model.


ProtoInstance
title_text 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a1
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a10
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a11
ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a12
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a13
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a14
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a15
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a16
ProtoInstance
Sulphur 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a17
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a18
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a19
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a2
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a20
ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a21
ProtoInstance
Sulphur 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a22
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a23
ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a24
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a25
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a26
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a27
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a28
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a29
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a3
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a30
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a31
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a32
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a33
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a34
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a35
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a36
ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a37
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a39
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a4
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a40
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a41
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a42
ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a43
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a44
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a45
ProtoInstance
Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a48
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

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Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

a54
ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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Nitrogen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Oxygen 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
Carbon 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b1
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b10
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b10_2
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b11
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b18
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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b19_2
ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
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ProtoInstance
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
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line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
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ProtoInstance
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
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ProtoInstance
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
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This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
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ProtoInstance
line 		No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 
Additional guidance on X3D animation can be found in the 10-Step Animation Design Process and Event Tracing hint sheets. Have fun with X3D! 😀
-->
<!-- Online at
https://www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/OxytocinIndex.html -->
<!-- Version control at
https://sourceforge.net/p/x3d/code/HEAD/tree/www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/Oxytocin.x3d -->

<!-- Color legend: X3D terminology <X3dNode DEF='idName' field='value'/> matches XML terminology <XmlElement DEF='idName' attribute='value'/>
(Light-blue background: event-based behavior node or statement) (Grey background inside box: inserted documentation) (Magenta background: X3D Extensibility)
    <ProtoInstance name='ProtoName'> <field name='fieldName'/> </ProtoInstance> -->

to top <!-- For additional help information about X3D scenes, please see X3D Tooltips, X3D Resources, and X3D Scene Authoring Hints. -->